Fu il primo presidente della Repubblica del Brasile, prima provvisoriamente dal 15 novembre 1889 al 26 febbraio 1891, poi regolarmente fino alle sue dimissioni il 23 novembre 1891.

Il 15 novembre 1889 Da Fonseca rovesciò l’imperatore Pietro II con un pronunciamento incruento dell’esercito appoggiato da repubblicani, conservatori e schiavisti, proclamando la repubblica degli Stati Uniti del Brasile.

Eletto presidente provvisorio dalla Camera Comunale di Rio de Janeiro, sciolse l’Assemblea Generale (il Parlamento dell’Impero), le Assemblee provinciali e le Camere comunali, e inviò interventores (ispettori con poteri straordinari) in tutte le province. Convocò un’Assemblea Costituente (1890-1891) che promulgò una Costituzione presidenziale e federalista sul modello statunitense (presidente della Repubblica capo dell’esecutivo, Congresso Nazionale bicamerale formato da Senato e Camera dei deputati, divisione amministrativa in Stati con propri organi di governo) e introdusse il matrimonio civile e la separazione della Chiesa dallo Stato.

Eletto presidente dal Congresso Nazionale (26 febbraio 1891), volle sciogliere il Senato, ostile alla sua politica, per governare con poteri dittatoriali. L’insurrezione della marina militare, capeggiata dall’ammiraglio de Melo, e dello Stato del Rio Grande do Sul (che si trascinò fino al 1894), lo convinsero a dimettersi il 23 novembre 1891, lasciando il governo al vicepresidente Floriano Peixoto.

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