Io ho sempre pensato che la dicitura "naturale" stesse ad indicare quello che riporta anche l'articolo del giornale di Arseni "Vengono così definiti quegli esemplari che, pur essendo simili,differiscono totalmente da un francobollo emesso in larga tiratura".
In questa accezione, "naturale" non si contrappone ad "alterato" ma a "standard" e "decretato". Il francobollo "naturale" è (secondo me) quello che verrà descritto in maniera totalmente diversa dagli altri, mantenendo però l'aspetto di un francobollo standard...

I due francobolli, appartenenti alla stessa tiratura verranno descritti in maniera diversa. Quello sopra (naturale) ha la scritta in basso, quello sotto (standard) ha la scritta in alto. E' ovvio che tutto dipende da uno spostamento evidente della dentellatura. Ed è evidente che lo spostamento della dentellatura normalmente produce una varietà. Quando la varietà diventa un fb naturale? Quando a causa di essa il fb risultante appare diverso sostanzialmente da come avrebbe dovuto essere...
Uno spostamento della dentellatura come questo

che non modifica sostanzialmente il francobollo, invece, dà luogo ad una semplice varietà, stessa cosa dicasi per le macchie o gli eccessi di colore, per le mancanze di stampe, etc. etc.
La chimica, secondo me, non c'entra proprio nulla.